نوآرایی بیکر-ونکاتارامان انتقال القا شده توسط باز یک گروه آسیل استری در یک فنول استری که در موقعیت ارتو آسیله شده، که یک ترکیب ۱و۳-دی کتون را میدهد. این واکنش مربوط به تراکم کلایزن بوده، که بعد از تشکیل یک انولات، انتقال آسیل درون مولکولی را دنبال میکند. مکانیسم نوآرایی …
بیشتر بخوانید »گونه های دارویی به دست آمده از گیاهان
بر حسب تعریف داروهای این دسته عموما قسمتهای خشک شده تمام یا بخشی از گیاهان، جانوران و یا قسمتهایی از جانوران و ترشحات جانوری را شامل میگردد. در این مبحث قصد داریم فقط مواد اولیه به دست آمده از گیاهان را مورد بحث قرار بدهیم. داروها بر حسب بخشی از …
بیشتر بخوانید »مکانیک کوانتومی؛ چهارمین اصل بنیادین در شیمی محاسباتی
مکانیک کوانتومی توصیف ریاضی صحیح از رفتار الکترونها و در نهایت توصیف شیمی با استفاده از ریاضی است. از دیدگاه نظری، مکانیک کوانتومی میتواند هر خاصیتی از یک اتم یا مولکول مجزا را به طور دقیق، فقط برای سیستمهای تک الکترونی حل شده اند. روشهای زیادی برای حل تقریبی سیستمهای …
بیشتر بخوانید »آشنایی کلی با کاربردهای نرم افزار شیمی محاسباتی ADF
این نرم افزار به عنوان محاسبات از نوع تابعیت چگالی آمستردام (Amesterdam density functional) میباشد. این برنامه یک برنامه DFT با چندین سیمای قابل توجه دارد که میتوان به استفاده از مجموعه پایه STO و توانایی اجرای محاسبات DFT اشاره نمود. هر دو تابعیتهای LDA و گرادیان اصلاح شده را …
بیشتر بخوانید »واکنش اکسایش بایر ویلیگر (Baeyer Villiger)
اکسایش بایر-ویلیگر اکسیداسیون بایر-ویلیگر شکست اکسایشی پیوند کربن-کربن مجاور یک گروه کربونیل است که کتونها را به استرها و کتونهای حلقوی را به لاکتونها تبدیل میکند. بایر-ویلیگر میتواند با پراسیدهایی همچون MCPBA، یا با هیدروژن پراکسید و یک اسید لوئیس انجام گیرد. جهت گزینی خاص واکنش به توانایی مهاجرت …
بیشتر بخوانید »مروری بر کاربردهای نرم افزار شیمی آلی محاسباتی اسپارتان (Spartan)
اسپارتان یک کد کامپیوتری برای اجرای محاسبات آغازین، DFT، نیمه تجربی و مکانیک مولکولی است که به راحتی با یک رابط گرافیکی استفاده میشود. این برنامه برای هر دو گروه شیمیدانان تجربی و موسسه های آموزشی مطلوب میباشد. این برنامه قابلیتهای زیر را دارد: به راحتی حالات واسطه، جستجوهای کنفورماسیونی، …
بیشتر بخوانید »هایپرکم (HyperChem) نرم افزاری قدرتمند برای مدلسازی مولکولی
یک رابط گرافیکی، محاسباتی و بسته نرم افزار تجسمی است. قادر به محاسبات آغازین، نیمه تجربی و مکانیک مولکولی است. توانایی محاسبه فرکانسهای ارتعاشی، حالات واسطه، حالات تحریک، محاسبات QM/MM، دینامیک مولکولی و شبیه سازی مونت کارلو را دارد. قادر به نمایش های شیوه های ارتعاشی و تجسم سطح مولکولی …
بیشتر بخوانید »آشنایی با نرم افزار شیمی محاسباتی ACD ChemSketch
یک رابط گرافیکی با نام جدید chemsketch برای رسم دو بعدی ساختار مولکول است که بیشتر برای رسم ساختار پروتئینها استفاده میشود. قابلیت بهینه سازی ساختار هندسی سه بعدی مولکول بر اساس میدان نیرو از نوع CHARMM است. قادر به تولید فایلهای ورودی و خروجی با فرمت HTML یا VRML …
بیشتر بخوانید »معرفی نرم افزار مدلسازی مولکولی Chem3D
نرم افزار مدلسازی مولکولی برای استفاده در PC و سیستمهای مکینتاژ میباشد. محاسبات با استفاده از روش MM2 و هوکل توسعه یافته بوده و به راحتی به عنوان رابط بین نرم افزارهای MOPAC و Gaussian عمل می نماید. تواناییهای این نرم افزار به شرح زیر است: خواندن فایلهای ساختار شیمیایی …
بیشتر بخوانید »مروری بر قابلیتهای نرم افزار شیمی Alchemy
این نرم افزار یک رابط گرافیکی برای اجرای محاسبات مکانیک مولکولی و نیمه تجربی است. محاسبات میتواند با میدان نیروی MM3 یا برنامه های MOPAC اجرا شود که در این بسته نرم افزار موجود است. این نرم افزار تواناییهای زیر را دارا میباشد: رسم مولکول و تبدیل آن به …
بیشتر بخوانید »
Iranian Chemist شیمیدان ایرانی