این نرم افزار، یک رابط گرافیکی مورد استفاده برای ایجاد فایلهای ورودی برای نرم افزارهای مختلف همچون گوسین (Gaussian) است. گزینه های متنوعی در این نرم افزار برای ساختن ساختار مولکولی تعبیه شده است. فایلهای کتابخانه ای متنوع برای سیستمهای حلقوی، آمینواسیدها، نوکلئیک اسیدها و گروههای عاملی آلی متداول موجود …
بیشتر بخوانید »آشنایی با نرم افزار تینکر (Tinker) به منظور شبیه سازی مولکولی
تینکر مجموعه ای از برنامه ها برای اجرای محاسبات مکانیک مولکولی و دینامیک مولکولی است. تمام فایلهای ورودی آن از نوع ASCII است. نیاز به رابط گرافیکی ندارد ولی میتواند با رابطهای گرافیکی همچون RasMol، ChemDraw، Chem3D، MOLDEN و ReView مورد استفاده قرار میگیرد. همچنین این نرم افزار شامل بانک …
بیشتر بخوانید »معرفی نرم افزار شبیه سازی مولکولی Molecular Operating Environment
Molecular Operating Environment (MOE) software بسته نرم افزاری شامل مکانیک مولکولی، دینامیک، شرایط مرزی متناوب، QSAR، سازنده ساختارهای ترکیبی و مدلسازی پروتئینها و پلیمرها میباشد. خواصی همچون LogP و ضریب شکست مولی را محاسبه میکند. دارای رابط گرافیکی است. میدانهای نیروی در دسترس آن عبارتند از: AMBER89، AMBER94، MMFF94 و …
بیشتر بخوانید »نرم افزار مکانیک مولکولی ماکرومدل (MacroModel)
نرم افزار شبیه سازی مولکولی MacroModel نرم افزار شیمی ماکرومدل یک نرم افزار مکانیک مولکولی قوی است. رابط گرافیکی با فایل ورودی از نوع ASCII میتواند استفاده شود. آنالیز تعداد زیادی ساختار در مسیرهای شبیه سازی شده مونت کارلو و یا دینامیکی میسر است. میدانهای نیروی در دسترس از نوع …
بیشتر بخوانید »نرم افزار شیمی محاسباتی MOPAC چه کاربردهایی دارد؟
یک بسته نرم افزار نیمه تجربی است که بیشترین مصرف کننده را دارد. رابط گرافیکی آن اکثر نرم افزارهای گرافیکی است که میتوان به Chem3D، Hyperchem و Hypercube اشاره نمود. نسخه های مختلف آن در بازار موجود است. فایل ورودی آن از نوع ASCII و شامل ساختار مولکولی به فرم …
بیشتر بخوانید »آشنایی با نرم افزار شیمی محاسباتی نیمه تجربی AMPAC
سه برنامه نیمه تجربی شامل AMPAC، MOPAC و AMSOL از کد منبع مشابهی مشاق شده اند. دارای فایلهای ورودی و خروجی مشابه بوده ولی برای اهداف متفاوتی توسعه یافته اند. برنامه AMSOL شامل روشهایی است که بیشتر برای اثرات حلال منظور شده است. AMPAC برای شناسایی ساختارهای حدواسط، کارآمد شده …
بیشتر بخوانید »آشنایی با قابلیتهای نرم افزار شیمی محاسباتی Q-Chem
این برنامه انجام محاسبات آغازین با بهره وری بالا برای مولکولهای بزرگ را فراهم میکند. فایل ورودی و خروجی آن از نوع ASCII است. این برنامه میتواند با برنامه هایی نظیر HyperChem، Hypercube و UniChem به عنوان برنامه های رابط مورد استفاده قرار گیرد. محاسبات در دسترس عبارتند از: HF، …
بیشتر بخوانید »معرفی نرم افزار شیمی محاسباتی مولپرو (MOLPRO)
مولپرو یک برنامه محاسباتی آغازین طراحی شده برای محاسبات کمپلکسهای تشکیل شده است. این برنامه به همبستگی الکترونی بسیار حساس است. محاسبات از نوع HF، CI، MRCI، FCI، CC، DFT، MCSCF، CASSCF، ACPF، CEPA، پیوند ظرفیت، نظریه اختلال تک دترمینانی و چند دترمینانی قابل انجام است. خواص تک الکترونی شامل …
بیشتر بخوانید »آشنایی با نرم افزار شیمی محاسباتی گمس (Gamess)
گمس یک برنامه برای محاسبات آغازین و نیمه تجربی است که جنبه آغازین آن گسترش بیشتری یافته است. فایل ورودی این نرم افزار از نوع ASCII است و به قالبهای دیگر نیز قابل استفاده است. محققان مراکز آموزشی و علمی از آن بیشتر استفاده میکنند. روشهای آغازین در دسترس عبارتند …
بیشتر بخوانید »آشنایی با نرم افزار شیمی محاسباتی کریستال (Crystal)
کریستال؛ یک برنامه برای محاسبات مولکولی از نوع آغازین و ساختار نواری (Band Structure) است (یعنی نواحی ای از انرژی الکترون میتواند دارا باشد و یا نواحی ای از انرژی که الکترون مجاز به دارا بودن آن نیست. بین این دو پهنا فاصله ای وجود دارد که به فاصله نوار …
بیشتر بخوانید »