بایگانی/آرشیو برچسب ها : شیمی محاسباتی

نقش کامپیوترها در کشف و طراحی داروهای نوین بدون شک یکی از مهمترین و تأثیرگذارترین اختراعات بشر کامپیوتر است. این وسیله آنقدر در زندگی انسان نقش مهمی دارد که نمی توانیم آن را انکار کنیم. در سالهای اخیر، کامپیوتر تحول عظیمی در زمینه های متفاوت مانند پزشکی، هنری، تحصیلی، ارتباطات، …

این نرم افزار، یک رابط گرافیکی مورد استفاده برای ایجاد فایلهای ورودی برای نرم افزارهای مختلف همچون گوسین (Gaussian) است. گزینه های متنوعی در این نرم افزار برای ساختن ساختار مولکولی تعبیه شده است. فایلهای کتابخانه ای متنوع برای سیستمهای حلقوی، آمینواسیدها، نوکلئیک اسیدها و گروههای عاملی آلی متداول موجود …

تینکر مجموعه ای از برنامه ها برای اجرای محاسبات مکانیک مولکولی و دینامیک مولکولی است. تمام فایلهای ورودی آن از نوع ASCII است. نیاز به رابط گرافیکی ندارد ولی میتواند با رابطهای گرافیکی همچون RasMol، ChemDraw، Chem3D، MOLDEN و ReView مورد استفاده قرار میگیرد. همچنین این نرم افزار شامل بانک …

Molecular Operating Environment (MOE) software بسته نرم افزاری شامل مکانیک مولکولی، دینامیک، شرایط مرزی متناوب، QSAR، سازنده ساختارهای ترکیبی و مدلسازی پروتئینها و پلیمرها میباشد. خواصی همچون LogP و ضریب شکست مولی را محاسبه میکند. دارای رابط گرافیکی است. میدانهای نیروی در دسترس آن عبارتند از: AMBER89، AMBER94، MMFF94 و …

یک بسته نرم افزار نیمه تجربی است که بیشترین مصرف کننده را دارد. رابط گرافیکی آن اکثر نرم افزارهای گرافیکی است که میتوان به Chem3D، Hyperchem و Hypercube اشاره نمود. نسخه های مختلف آن در بازار موجود است. فایل ورودی آن از نوع ASCII و شامل ساختار مولکولی به فرم …

سه برنامه نیمه تجربی شامل AMPAC، MOPAC و AMSOL از کد منبع مشابهی مشاق شده اند. دارای فایلهای ورودی و خروجی مشابه بوده ولی برای اهداف متفاوتی توسعه یافته اند. برنامه AMSOL شامل روشهایی است که بیشتر برای اثرات حلال منظور شده است. AMPAC برای شناسایی ساختارهای حدواسط، کارآمد شده …

این برنامه انجام محاسبات آغازین با بهره وری بالا برای مولکولهای بزرگ را فراهم میکند. فایل ورودی و خروجی آن از نوع ASCII است. این برنامه میتواند با برنامه هایی نظیر HyperChem، Hypercube و UniChem به عنوان برنامه های رابط مورد استفاده قرار گیرد. محاسبات در دسترس عبارتند از: HF، …

مولپرو یک برنامه محاسباتی آغازین طراحی شده برای محاسبات کمپلکسهای تشکیل شده است. این برنامه به همبستگی الکترونی بسیار حساس است. محاسبات از نوع HF، CI، MRCI، FCI، CC، DFT، MCSCF، CASSCF، ACPF، CEPA، پیوند ظرفیت، نظریه اختلال تک دترمینانی و چند دترمینانی قابل انجام است. خواص تک الکترونی شامل …

گمس یک برنامه برای محاسبات آغازین و نیمه تجربی است که جنبه آغازین آن گسترش بیشتری یافته است. فایل ورودی این نرم افزار از نوع ASCII است و به قالبهای دیگر نیز قابل استفاده است. محققان مراکز آموزشی و علمی از آن بیشتر استفاده میکنند. روشهای آغازین در دسترس عبارتند …

کریستال؛ یک برنامه برای محاسبات مولکولی از نوع آغازین و ساختار نواری (Band Structure) است (یعنی نواحی ای از انرژی الکترون میتواند دارا باشد و یا نواحی ای از انرژی که الکترون مجاز به دارا بودن آن نیست. بین این دو پهنا فاصله ای وجود دارد که به فاصله نوار …